O CONASEMS nasceu a partir de um movimento social em prol da saúde pública e se legitimou como uma força política que assumiu a missão de agregar e de representar o conjunto de todas as secretarias municipais de saúde do país.

Desde que foi criado, focou sua tarefa em promover e consolidar um novo modelo de gestão pública de saúde alicerçado em conceitos como descentralização e municipalização.  

Assumiu o desafio de romper com a estrutura centralista de decisões impostas de cima para baixo, que desconsideravam as especificidades e as demandas de cada município brasileiro. Propôs uma fórmula de gestão democrática para a saúde, atribuindo aos municípios um papel que não fosse o de meros coadjuvantes, fazendo jus aos preceitos constitucionais de formulação do SUS.

Defendeu, de forma incondicional, que o sistema público de saúde seria mais eficaz à medida que os municípios deixassem de ser, tão-somente, executores de ações e assumissem também o papel de formuladores de políticas públicas.

Como artífice de um plano de inclusão social, o CONASEMS passou a auxiliar os municípios na formulação de estratégias voltadas ao aperfeiçoamento dos seus respectivos sistemas de saúde, primando pelo intercâmbio de informações e pela cooperação técnica.

Também se lançou na disputa por espaço político nas instâncias federais, incluindo na pauta de discussões da saúde grandes temas de interesse como financiamento público, recursos humanos e defesa dos princípios do Sistema Único de Saúde (SUS).

Enfim, direcionou seu trabalho para promover o acesso universal e equânime da população aos serviços de saúde e para garantir a integralidade destas ações desde a prevenção até a reabilitação.